亚太理论与计算化学家协会(The Asia-Pacific Association of Theoretical & Computational Chemists (APATCC)) 授予吴云东教授2014年度Fukui Medal，以表彰吴云东教授在理论与计算化学领域做出的卓越贡献。亚太理论与计算化学家协会(APATCC)成立于2004年，现任主席为悉尼大学Leo Radom教授，吴云东教授因其国际影响力于2012年当选APATCC副主席。APATCC每两年举办一次理论与计算化学国际会议，是亚太地区理论与计算化学最为重要的会议，目前已举办了6届。该协会每年授予两个理论与计算化学领域的奖项，Fukui Medal和Pople Medal，其中Fukui Medal授予在理论与计算化学领域有重大贡献的化学家；Pople Medal授予45岁以下的在理论与计算化学领域脱颖而出的年轻化学家。Fukui Medal以诺贝尔化学奖得主福井谦一（Kenichi Fukui）命名，获奖者都为国际理论与计算化学届的领军人物，如Keiji Morokuma，Leo Radom，Kimihiko Hirao等。吴云东教授是获此奖项的第一位中国学者，既是对其个人学术贡献的肯定，也反映了我国在国际理论与计算化学领域的影响力的提升。
吴云东教授主要从事计算化学与药物设计的研究。他的研究跨越有机化学、生物化学、材料科学及药物设计等多个领域。尤其在有机化学反应机理及不对称催化；多肽及蛋白质二级和三级结构；蛋白质-蛋白质相互作用；基于多肽的药物设计以及分子力场发展等领域有突出贡献。